Tên gọi Biwako được thiết lập trong thời kỳ Edo. Có nhiều lý thuyết khác nhau về nguồn gốc của cái tên Biwako, nhưng lý do thường được cho là vì sự giống nhau về hình dạng của nó đối với một nhạc cụ gọi là đàn tỳ bà Nhật. Kōsō, một tăng nhân có học thức của Enryaku-ji vào thế kỷ 14, đã đưa ra manh mối về nguồn gốc tên gọi Biwako trong ghi chép của mình: "Hồ này là Tịnh độ của nữ thần Benzaiten, vì bà sống trên đảo Chikubu và hình dạng của hồ tương tự như biwa, nhạc cụ ưa thích của bà."[2]

Hồ này trước đây được biết đến với tên gọi là Awaumi (淡海, Awaumi? "biển ngọt") hoặc Chikatsu Awaumi (近淡海, Chikatsu Awaumi? "biển ngọt gần kinh đô"). Sau này, cách phát âm của Awaumi thay đổi thành từ Ōmi hiện đại thành tên của tỉnh Ōmi. Hồ còn được gọi là Nio no Umi (鳰の海?, "Hồ Chim le") trong văn học.